Het tonen van de kracht van de Indoesische Marine (ALRI) bracht de Nederlanders niet op andere gedachten. Er bleef geen andere keus dan de ifiltraties voort te zetten d.m.v. het inzetten va de 16 KCT's (Kapal Cepat Torpedo ) Motor Torpedo Boten onder de Operatie Jayawijaya.

De Operationele taken van de MTBs  werden toegekend aan het Komando ALLA(Angkatan Laut ) o.l.v. KOL. (L) M. Subarkah Chef vn de Nationale Defensie Raad m.i.v. 15 juni 1962. KCT-16  kreeg als uitvalsbasis Ambon in geval van nood de 3 plaatsen GAME, WAHAI, en ELAT. KCT-16 nam deel aan twee operaties , Operatie BADAR  LUMUT en OPERATIE BADAR BESI.